2012年9月10日，在启动仪式结束后，协同创新中心机制体制改革座谈会举行。潘毅主持座谈会。座谈会上，陆延青教授就协同创新中心的基本情况和建设方案向与会专家学者做了详细汇报，指出要将协同创新中心建设成为微结构科学与量子调控领域具有重要影响力的世界级科研中心、学术交流中心和人才培养基地。
游效曾院士、祝世宁院士、龚新高教授、邢定钰院士四位科学家指出协同创新中心未来面临的诸多挑战和困难，并提出许多务实性的意见和建议。祝世宁院士特别指出中心成功的关键是体制机制建设。如何落实现有的设想，还要引进新的思想；如何利用好国家的投入，把体制机制建设好以适应国家的发展；如何破除传统的观念，吸收新的营养，对现在的教育制度的深刻思考，能够在我们的中心体制建设上为国家的协同中心建设提出借鉴，这是中心的重要任务。
中科大、复旦、浙大、中科院合肥物质科学研究院等协作单位的与会代表表示，将从人事考核、招生、实验装置、学校政策等多个方面全力支持协同创新中心的发展。
陈仙辉、许祝安、田明亮、资剑、封东来、王牧、闻海虎、施毅等学科专家作为中心的一线人员就中心的成立表达了自己内心的感受，表示对中心的成立非常的期待，也对中心给予了厚望，相信中心在各位专家学者的努力下一定能建成国际一流的中心。同时他们也对中心成立目前存在的问题予以说明，希望四校一所的领导们能切实解决好中心存在的问题，为中心的顺利成立奠定基础。
教育部雷朝滋副司长代表教育部对协同创新中心的成立表示祝贺。他表示，要充分认识落实教育部、财政部《高等学校创新能力提升计划》（2011计划）的核心内涵，准确把握机制体制创新，为创新驱动发展和创新型国家建设作出新的更大贡献。雷司长对中心成立提出了三点建议：（一）充分认识、准确把握2011计划的核心内涵。能不能成为里程碑计划的重要因素是能不能实现预期的目标、产生效果，形成新的创新优势：提升学科、人才和科研三位一体的创新能力。（二）扎实推进，确保2011计划前期培育组建取得实质效果。（三）不断拓展协同创新的形式和内容。在冲击世界一流上下功夫，在机制体制上施招。希望四校一院/中心要热于改革，勇于创新，争取中心早日得到批复。
南京大学常务副校长张荣指出中心已经有了很好的基础，在这个基础上进一步分析和凝练协同创新中心的需求、任务和目标，以哪些问题作为导向。张荣副校长给出了下列四点建议：（一）体制机制的设计核心：创造条件、降低成本。如何真正的实现协同是在体制机制设计上最关键的要素。（二）提升创新能力，更多人才引进的自主权。（三）突破人才培养的已有模式。（四）呼吁五家单位一起培育，各个高校多出台一些措施，给予进入协同创新中心的人员一些倾斜。